Другий сезон «Позашкільний Ханако» продовжує пригоди Нене Яшіро, старшокласниці академії Камоме, яка захоплюється надприродним. Викликавши Ханако-сан з туалету, духа, що виконує бажання, Нене несподівано для себе прив'язується до нього. У цьому сезоні ми зануримося у їхню подорож, де вони стикаються з новими надприродними загрозами та продовжимо досліджувати їхній унікальний зв'язок.
Допомагаючи Ханако виганяти злих духів, Нене дізнається більше про прихований світ привидів і таємниці, що оточують минуле Ханако. В умовах зростаючої небезпеки, що випробовує їхню дружбу, Нене також бореться зі своїм коханням та обов'язками асистентки Ханако. Теми дружби, мужності та наслідків бажань виходять на перший план, оскільки вони намагаються зберегти баланс між людським і духовним світами.