Після Другої світової війни союзницьке командування в Японії ініціювало створення таємної агенції для вирішення нагальних проблем тероризму і насильства в Тихоокеанському регіоні. Ця таємна організація розпочала свою діяльність з вербування японських ніндзя, які в першу чергу займалися побутовими питаннями. З часом ця програма розширилася до свого нинішнього стану, контролюючи грізну силу з 20 000 кваліфікованих ніндзя, відповідальних за широкий спектр внутрішніх і міжнародних справ. Серед таємних агентів - Кудо, скромний сімнадцятирічний невдаха-старшокласник.
За дивовижним поворотом долі Кудо отримує надзвичайно важливу роль, стаючи останньою лінією захисту від потенційної хвилі іноземних вбивць, що проникають у Токіо.