З наближенням кінцевого терміну знищення Землі клас 3-Е активізує свої зусилля, щоб вбити Коро-сенсея. Учні дізнаються більше про його минуле та мотиви, поглиблюючи своє розуміння загадкової істоти. Однак на сцену виходить тіньова організація з власним порядком денним, що додає складнощів у розповідь. Сезон заглиблюється в емоційні зв'язки, що формуються між учнями та вчителем, розгадку давніх таємниць та остаточну долю Коро-сенсея. Кульмінацією є гостросюжетна і насичена подіями розв'язка, яка залишає тривалий вплив як на персонажів, так і на глядачів.