Перший сезон "Чорної лагуни" розповідає про пригоди Рокуро "Рока" Окадзіми, японського бізнесмена, який після викрадення групою найманців під назвою "Чорна Лагуна" потрапляє в жорстокий злочинний світ Роанапура, беззаконного міста в Південно-Східній Азії. Рок відмовляється від свого попереднього життя і занурюється у кримінальне середовище разом із грізними Реві, Датчем і Бенні. Компанія "Лагуна" займається контрабандою, піратством і протистоянням з різними злочинними організаціями. Поки Рок адаптується до свого нового існування, серіал досліджує теми моралі, виживання та розмитих меж між добром і злом у цьому темному і сповненому пригод світі.