"Місто, де немає лиш мене" розповідає про Сатору Фудзінуму, художника манґи, який має незвичайну здатність, що називається "Відродження". Ця сила дозволяє йому повертатися в минуле і запобігати небезпечним для життя інцидентам. Однак одного разу Сатору натрапляє на місце вбивства своєї матері, і його помилково звинувачують у скоєнні злочину. Намагаючись втекти, Сатору випадково запускає свою здатність "Відродження" і переноситься на вісімнадцять років назад, у початкову школу. Маючи шанс запобігти смерті матері, Сатору повинен розкрити правду про серію викрадень і вбивств, що сталися в його рідному місті під час його дитинства. Намагаючись змінити минуле, Сатору знайомиться зі своїми однокласниками, зокрема з Кайо Хіназукі, молодою дівчиною, яка стає жертвою викрадача. Разом вони намагаються розплутати таємничі події, що переслідують їхнє місто, а Сатору прагне захистити Кайо та змінити їхнє похмуре майбутнє. З кожним стрибком у минуле Сатору відкриває шокуючі таємниці та стикається зі складними дилемами, які випробовують його рішучість врятувати тих, хто йому небайдужий. Зрештою, він мусить зіткнутися з власними минулими травмами і дізнатися справжнє значення мужності та самопожертви, щоб запобігти трагедії, яка чекає на них усіх.