У третьому сезоні "Кісток" судовий антрополог доктор Темперанс Бреннан та агент ФБР Сілі Бут продовжують працювати разом над розкриттям складних справ про вбивства. Сезон розпочинається з таємничого масового поховання та знахідки останків друга дитинства. Заглиблюючись у своє минуле, Бреннан також формує тісніший зв'язок із сином Бута, Паркером.
Протягом сезону дует розслідує широкий спектр справ, серед яких вбивство професійного хокеїста, збочений організатор весілля та чоловік, якого, можливо, вбила міфічна істота. Вони також стикаються з особистими проблемами, оскільки Бреннан бореться зі своїми емоціями, а Бут стикається з власними страхами, пов'язаними з його минулим снайпера.
На тлі розслідування вбивств команда Інституту Джефферсона займається внутрішніми конфліктами та знайомиться з новими персонажами. Новий інтерн, пан Найджел-Мюррей, приносить у команду свої унікальні дивацтва, а доктор Деніел Гудман повертається на посаду нового директора інституту.
Протягом сезону хімія між Бреннан і Бутом посилюється, що призводить до кількох романтичних моментів. Однак їхнє професійне партнерство проходить випробування, коли батька Бреннан звинувачують у вбивстві, що змушує її приймати складні рішення. Зрештою, вони усвідомлюють глибину своїх почуттів одне до одного, але їхні стосунки залишаються невизначеними.
У драматичному фіналі сезону вибух у лабораторії потрясає команду до глибини душі, змушуючи їх розгубитися і поставити під сумнів їхнє спільне майбутнє. Бреннан і Бут мусять зіткнутися зі своїми вразливими місцями та вирішити, чи зможе їхнє партнерство витримати виклики, які чекають на них попереду.