У другому сезоні під назвою "Кланнад", стосунки Томої та Наґіси поглиблюються, коли вони долають виклики дорослого життя. Оповідь виходить за межі середньої школи, заглиблюючись у складнощі сім'ї, самопожертви та гострі життєві реалії. Надприродні елементи, введені в першому сезоні, набувають значущості, що призводить до потужного та емоційно зарядженого фіналу. "Кланнад" продовжує проникливу розповідь, започатковану в першому сезоні, створюючи гострий і незабутній аніме-досвід.