У третьому сезоні "Мислити як злочинець" BAU стикається з найнебезпечнішими справами, включаючи серійного вбивцю, який полює на саму команду, і лідера кривавого культу, який промиває мізки своїм жертвам. Сезон також представляє нового члена команди, агента ФБР Емілі Прентісс, і досліджує напружені стосунки між членами команди, включаючи напруженість у відносинах між Хотчнером і його начальством.