У далекому майбутньому людство опинилося на межі вимирання через загадкових істот, відомих як клаксозаври. Люди, що вижили, живуть у пересувних фортецях під назвою Плантації, де дітей виховують, щоб вони стали пілотами гігантських мехів під назвою Франкс. Ці діти під кодовою назвою "паразити" формують пари хлопчик-дівчинка і позбавлені емоцій та індивідуальності.
Хіро, колишній вундеркінд, не може синхронізуватися з жодним партнером, доки не зустрічає Нуль Два, напівлюдину-напівклаксозавра з рогами. Разом вони пілотують потужного франкса на ім'я Стреліція і доводять, що є ефективною командою. У міру того, як вони зближуються, Хіро починає відновлювати свої емоції та ставити під сумнів ідеали суспільства.
На паразитів чекають інтенсивні тренування та битви проти клаксозаврів, очолюваних загадковою організацією під назвою APE. Однак чим глибше вони занурюються в конфлікти, тим більше відкривають правди про світ, в якому живуть, і темні таємниці, які приховують їхні покровителі.
У міру того, як їхня місія із захисту людства посилюється, стосунки Хіро та Зеро Два стають напруженими, що змушує їх зіткнутися зі своєю долею та справжньою метою Франксів. Незабаром вони виявляють шокуючий зв'язок між собою, APE і клаксозаврами, що веде їх до вирішальної битви, яка визначить долю людства.
У світі, де на кону стоять любов, ідентичність і свобода, "Кохана у франксі" досліджує силу людських емоцій і важливість особистих зв'язків перед обличчям деспотичного суспільства. Чи зможуть Хіро та Зеро Два подолати своє минуле і врятувати світ від знищення?