У другому сезоні "Доктора Стоуна", дія якого розгортається у 5738 році, Сенку та його супутники продовжують свої пошуки, щоб відродити людство та відновити цивілізацію. Вони стикаються з новими викликами, коли імперія Тсукаса на чолі з безжальним Тсукаса Шішіо прагне встановити новий світовий порядок. Сенку та його друзі створюють Королівство Науки, об'єднуючи навколо себе інших. Вони повинні зібрати союзників, використати науку та винайти нову технологію, щоб протистояти силам Цукаси і врятувати людство від деспотичного правління. У цій боротьбі обидві сторони розкривають таємницю променя скам'янілості, походження кам'яного світу та справжнього ворога, що ховається в тіні. У міру того, як відбуваються битви і випробовуються альянси, рішучість і непохитна віра Сеньку в науку ведуть його до розкриття істини і досягнення своєї кінцевої мети: повернути все людство з кам'яного віку і започаткувати нову еру наукового прогресу. Ризикуючи життям, Сеньку та його друзі вирушають у захоплюючу та небезпечну пригоду, щоб повернути майбутнє та відновити втрачені знання людства.