ФЛКЛ: Шуґейз - це остання частина улюбленої франшизи FLCL, події якої відбуваються через десять років після подій FLCL: Alternative. Серіал розповідає про Масакі Аофудзі, 15-річного хлопця, який намагається пристосуватися до школи через свої особливі погляди та досвід, зокрема через віру в те, що йому всюди ввижаються дивні зелені примари. Долаючи труднощі підліткового віку, життя Масакі змінюється, коли він зустрічає Харумі, таку ж ексцентричну дівчину, яка стає каталізатором змін у його житті. Історія починається з того, що Масакі та Харумі планують підірвати вежу Цуґаней, яку вони розглядають як символ свого розчарування в буденному існуванні. Їхній пустотливий план привертає увагу правоохоронців, зокрема Кана Кумото, яка виросла і тепер працює в Міжзоряному імміграційному бюро. Власний минулий досвід Кана, пов'язаний з хаотичними подіями її юності, тяжіє над нею, коли вона намагається втрутитися в безрозсудні витівки Масакі та Харумі. У міру розгортання сюжету теми відчуження та екзистенційного страху досліджуються через взаємодію персонажів та їхні спроби позбутися обмежень своєї реальності. Серіал має сюрреалістичні візуальні ефекти та саундтрек від The Pillows, що перегукується з унікальним стилем оригіналу. Однак, поки Масакі бореться зі своїми емоціями і стикається з наслідками своїх вчинків, він повинен врешті-решт вирішити, яке майбутнє він хоче створити для себе.