Життя Наоти, нудьгуючого і бунтівного підлітка, перевертається з ніг на голову, коли в неї на скутері "Веспа" врізається синьоволоса інопланетянка на ім'я Харуко. Харуко пробуджує в Наоті таємничу силу, б'ючи її по голові гігантською бас-гітарою. Тепер гігантські роботи вивергаються з лоба Наоти щоразу, коли вона емоційно збуджена, що призводить до химерних битв і дивовижних ситуацій. FLCL - це дика і візуально приголомшлива суміш історії про дорослішання, сльозливого гумору та соціального коментаря.