"Ханда-кун" розповідає про життя Сея Ханди, старшокласника, який славиться своїми винятковими навичками каліграфії. Однак Ханда абсолютно не усвідомлює своєї популярності і вважає, що всі його недолюблюють. Непорозуміння та власна соціальна тривожність підживлюють його параною, що призводить до ізоляції від однокласників.
Незважаючи на свої зусилля уникнути уваги, Ханда мимоволі стає центром уваги однокласників, що призводить до численних непорозумінь. Його відсторонену поведінку сприймають як холоднокровність, спроби допомогти іншим - як зарозумілість, а доброту - як нещирість. Однак однокласники Ханди зачаровані його талантом і сповнені рішучості подружитися з ним.
Ханда долає виклики шкільного життя і зустрічає колоритну компанію персонажів, серед яких його ексцентричний друг дитинства Кавафудзі, захоплена і наполеглива Майко та пустотливий бешкетник Дзюнічі. Кожна зустріч виштовхує Ханду далі із зони комфорту і змушує його переоцінити власні переконання щодо себе та інших.
По ходу серіалу Ханда виявляє, що дружба, яку він мимоволі зав'язує, є справжньою, і що його талант каліграфа об'єднує людей. Завдяки підтримці своїх нових друзів Ханда починає долати соціальну тривожність і вчиться приймати свої унікальні особливості.
"Ханда-кун" - це безтурботне та комедійне аніме, яке досліджує теми дружби, самоприйняття та сили мистецтва. Через достовірне та гумористичне зображення життя старшокласників серіал підкреслює важливість справжніх зв'язків та вплив, який люди можуть мати на тих, хто їх оточує.