У третьому сезоні "Каґуя хоче, щоб їй зізналися: Війна любові та розуму геніїв" продовжується напружена романтична комедія між Каґуєю Шиномією та Міюкі Широґане, двома блискучими членами студентської ради академії Шучіін. Прагнучи завоювати любов одне одного, вони беруть участь у низці веселих і стратегічних битв, застосовуючи інтелектуальні ігри та хитрі тактики, щоб перехитрити одне одного.
Цей сезон зосереджений на розвитку стосунків Каґуї та Міюкі, коли вони долають виклики, пов'язані з їхніми зростаючими почуттями. Обидва герої стикаються з власною невпевненістю та вразливістю, що змушує їх протистояти своїм справжнім емоціям. Незважаючи на свою змагальну природу, вони починають усвідомлювати, що їхнє прагнення до любові та зв'язку переважає над бажанням перемогти.
Тим часом їхні колеги по студентській раді, Чіка Фудзівара та Ю Ішіґамі, також намагаються впоратися зі своїми власними складними романтичними ситуаціями. Чіка, весела і примхлива секретарка ради, опиняється в любовному трикутнику, розриваючись між своїми почуттями до двох різних хлопців. Ю, інтровертний скарбник ради, продовжує боротися зі своїми минулими травмами і вчиться відкриватися іншим.
Протягом сезону герої стикаються з численними перешкодами та комедійними випадковостями, що призводить до зворушливих і комічних моментів. Через все це серіал досліджує теми вразливості, страху бути відкинутим і важливості спілкування у стосунках.
Зрештою, Каґуя та Міюкі мусять протистояти власним страхам і зробити стрибок віри, щоб зізнатися одне одному в коханні. Коли доля їхніх стосунків висить на волосині, вони мають вирішити, чи справді перемога у війні варта того, щоб пожертвувати своїм шансом на щастя. Чи зможуть вони нарешті подолати свою гордість та его, щоб прийняти любов у її найчистішому вигляді?