У другому сезоні «Кузей Гюней» продовжує розгортатися напружена драма між двома братами, Кузеєм та Гюнеєм. Кузей, відсидівши у в'язниці за злочин, якого він не скоював, щоб захистити брата, намагається налагодити своє життя, долаючи глибокі сімейні конфлікти та нерозділене кохання до Джемре. Гюней, з іншого боку, сповнений рішучості піднятися соціальними сходами і зміцнити свої стосунки з Бану, незважаючи на затяжне почуття провини і складні почуття до Джемре.
У цьому сезоні суперництво братів заглиблюється, оскільки прагнення Кузея до справедливості та спокути приводить його до конфлікту з могутніми ворогами, серед яких небезпечний злочинець Ферхат. Амбіції Гюнея штовхають його на темний шлях, і він приймає морально сумнівні рішення, які ускладнюють його стосунки з оточуючими. Обидва брати стикаються з особистими та професійними викликами, їхній зв'язок піддається випробуванням, які змушують їх зіткнутися зі своїми минулими вчинками та справжньою природою їхніх стосунків.
Протягом усього сезону досліджуються теми кохання, зради та пошуку ідентичності, кульмінацією яких є низка драматичних поворотів, що створюють підґрунтя для остаточної розв'язки серіалу.