У другому сезоні "Маленьких торнадо" дія серіалу розпочинається з того, що торнадо повертаються з літніх канікул і виявляють, що Стормвілль вирує від змін. До міста прибуває новий таємничий персонаж, Зефір, який приносить із собою таємниці та трохи магії, що зачаровує Торнадо. Потоваришувавши із Зефіром, вони вирушають у пригоди, які ведуть їх до розкриття прихованої правди про історію їхнього міста та їхню власну ідентичність. Кульмінація сезону зосереджена на поверненні Короля Бурі, старого ворога, який загрожує миру Стормвіля. З допомогою Зефіра Торнадо повинні подолати свої страхи, використати свої унікальні здібності та працювати разом, щоб захистити свій дім від шторму, що насувається. У цьому сезоні досліджуються теми дружби, довіри та мужності перед обличчям невідомого.