Події розгортаються навколо легендарного чарівника Мерліна та його роль у долі Камелота. Міні-серіал охоплює кілька десятиліть життя Мерліна, від його народження як сина смертної жінки і повелителя драконів до навчання у королеви фей Маб, яка хоче використати його як свій інструмент для відновлення старих способів магії. На цьому шляху Мерлін зустрічає багато друзів і ворогів, таких як Леді Озера, чаклунка Морган Ле Фей, воїн Ланселот і тиран Вортигерн, а також стає наставником, наставницею і тираном Вортигерном. Він також стає захисником короля Артура, пророкованого правителя, який об'єднає землі та принесе мир і справедливість. Однак доля Мерліна не позбавлена випробувань, адже йому доводиться зіткнутися з наслідками своїх вчинків, зрадою близьких та появою нового ворога, який загрожує знищити все, за що він боровся.