Коли Клан Фут прибуває до Ґотема, Черепашки-ніндзя об'єднуються з Бетменом, щоб зупинити їх. Однак незабаром вони виявляють, що у лиходіїв є більш зловісний план: мутувати ворогів Бетмена в ще більш могутніх істот. Починається хаос, і героям доводиться змагатися з часом, щоб зупинити Шреддера та Ра'с аль Гула, поки не стало надто пізно.