Сімейна комедія про таємну війну, що розгортається між двома угрупованнями: котами і собаками. Невідомо для людей, що ці домашні улюбленці дуже розумні і ведуть таємну боротьбу за контроль над своїми господарями. Професор Броуді (Джефф Голдблюм) ненавмисно втягується в неї, коли розробляє формулу для лікування собачої алергії, що загрожує крихкому балансу влади. Фільм розповідає про те, як цуценя бігля на ім'я Лу (Тобі Магуайр) завербували до організації собачих шпигунів, які намагаються перешкодити злим планам котячої організації, очолюваної містером Тінклсом (Шон Хейз). Наповнений шпигунством, гумором і чарівними домашніми улюбленцями, "Коти проти собак" досліджує віковічне суперництво між двома видами.