У похмурому майбутньому людство страждає від смертельного вірусу, а ті, хто вижив, живуть у добре укріплених стінах Бреґни. Еон Флакс, вправний вбивця, є частиною підпільної повстанської групи під назвою "Моніканці", яку очолює загадковий Оброблювач. Їхня місія - повалити деспотичний уряд на чолі з Тревором Гудчайлдом. Останнє завдання Еон - вбити Гудчайлда, якого вона вважає винним у смерті своєї сестри. Однак, коли вона наближається до завершення місії, Еон відкриває шокуючу таємницю, яка розкриває справжні наміри Гудчайлда. Заглиблюючись у правду, Еон мусить пройти крізь павутиння обману, зради та самопізнання, кидаючи виклик усьому, що, як вона вважала, вона знала. За допомогою свого таємничого союзника, Хранителя, Еон бореться проти тоталітарного режиму, прагнучи розкрити правду про вірус і принести свободу у свій світ. Коли межі між союзниками та ворогами стираються, подорож Еон стає все більш небезпечною, що призводить до вирішальної битви, яка визначить долю Бреґни та майбутнє людства.