У світі, де алхімія - звичайна практика, двоє братів, Едвард і Альфонс, намагаються використати її, щоб повернути до життя свою померлу матір. Спроба виявляється невдалою, і як покарання Едвард втрачає руку та ногу, а Альфонс - усе тіло. У відчайдушній спробі відновити Альфонса Едвард стає державним алхіміком і вирушає на пошуки філософського каменю. Дорогою брати стикаються з різноманітними небезпечними сутностями і змушені протистояти власним переконанням про те, що означає бути людиною. Наближаючись до своєї мети, вони усвідомлюють, що ціна здобуття каменю може бути набагато більшою, ніж вони готові заплатити.