У третій частині фокус зміщується на особисте життя Кусанаґі та її стосунки з коханим, який пов'язаний з серією вибухів за участю бойових андроїдів. Розслідування приводить її до виявлення зв'язку між терористичними актами і таємничою міжнародною угодою з продажу зброї. Розплутуючи нитки змови, Кусанаґі змушена зіткнутися з питаннями про кохання, довіру та природу власного кібернетичного існування. Фільм поєднує захопливі екшн-сцени з глибоким дослідженням емоційних зв'язків і впливу технологій на людські стосунки.