Педро Парамо слідує за Хуаном Пресіадо, який вирушає у подорож до примарного міста Комала, щоб знайти свого батька Педро Парамо, який живе окремо, як і обіцяв матері на смертному одрі. Прибувши на місце, Хуан виявляє пустельний пейзаж, наповнений відлунням минулого і примарними мешканцями, які розкривають трагічну історію міста і тиранічну спадщину його батька. Мандруючи цим моторошним середовищем, Хуан зустрічає різних духів, які діляться своїми історіями, поєднуючи спогади і сни в нелінійну оповідь, що відображає примарну природу Комали. У фільмі вигадливо переплітаються теми життя, смерті та невідворотних гріхів минулого, а пошуки Хуаном власної ідентичності переплітаються з долями тих, хто затримується в місті. Оповідь зміщується між перспективою Хуана та голосами померлих, створюючи багате полотно, що досліджує вплив безжального правління Педро Парамо на його землю та її мешканців. Заглиблюючись у темну історію своєї родини, Хуан бореться з усвідомленням того, що він може стати ще однією загубленою душею у цьому світі, де співіснують живі та мертві. Зрештою, « Педро Парамо » - це медитація на тему пам'яті, спадщини та настирливої присутності невирішених історій.