У "Покемон: Повернення М'юту" історія розгортається після подій першого фільму. Еш, Місті та Брок разом зі своїми вірними покемонами опиняються на ізольованому острові під час сильного шторму. На свій подив, вони натрапляють на клонованого покемона М'ютво, який відмовився від своїх злих звичок і шукає мирного існування.
М'ютво переховує трійцю у своєму потаємному притулку - місці, де покемони живуть у злагоді та гармонії. Еш та його друзі дізнаються, що Mewtwo спостерігає за стосунками між людьми та покемонами, розвиваючи новознайдену повагу до зв'язку, який їх об'єднує. Однак їхня мирна зустріч виявляється нетривалою, коли Джованні, лідер команди "Ракета", дізнається про місцезнаходження Міутво.
Джованні має намір знову захопити Mewtwo і використати його величезну силу. Він відправляє на острів своїх поплічників, які розпочинають запеклу битву проти Mewtwo та його новоспечених союзників. Зрозумівши, що їхній мирний притулок у небезпеці, Еш і його друзі об'єднують зусилля з М'юто, щоб захистити свій улюблений притулок.
Під час битви стає зрозуміло, що безжальна гонитва за владою засліпила Джованні справжню цінність зв'язку між покемонами та людьми. У відчайдушній спробі захистити своє святилище, Міудва та Еш повинні об'єднати свої сили, зіткнувшись з численними ворогами та грізними випробуваннями.
Протягом фільму герої досліджують теми прийняття, прощення та важливості єдності. У боротьбі проти Джованні вони виявляють, що справжня сила полягає в їхньому зв'язку та розумінні того, що покемони та люди можуть мирно співіснувати.
У фільмі "Покемон: Повернення М'юту" глядачі вирушають у захопливу подорож, сповнену екшену, емоцій та зворушливих моментів, коли Еш та його друзі разом з Міудва борються за захист свого новознайденого притулку і доводять, що любов і повага можуть подолати всі перешкоди.