У фільмі "Скубі-Ду та меч самурая" банда "Таємничої корпорації" вирушає у насичену пригодами Японію. Їх запрошують взяти участь у турнірі з бойових мистецтв, де вони дізнаються, що міфічний Меч Долі викрав злий привид самурая. За допомогою меча лиходій планує захопити світ. Разом зі своїм вірним собачим компаньйоном Скубі-Ду та законною власницею меча, молодою японською дівчиною на ім'я Емі, банда вирушає на пошуки меча та порятунок світу. По дорозі вони зустрічаються з воїнами-ніндзя, надприродними істотами та підступними пастками. З притаманним їм поєднанням хоробрості та безглуздості вони розгадують таємницю, перехитряють ворогів і врешті-решт повертають Меч Долі, гарантуючи, що мир і справедливість знову запанують у світі.