"Початковий код" розповідає про капітана Колтера Стівенса, нагородженого солдата, який прокидається в тілі невідомого чоловіка в приміському поїзді Чикаго. Розгублений і дезорієнтований, Стівенс дізнається, що він бере участь у надсекретній військовій операції під назвою "Вихідний код", яка дозволяє йому пережити останні вісім хвилин життя іншої людини.
Отримавши завдання знайти людину, відповідальну за терористичний вибух у поїзді, Стівенс повинен неодноразово переживати ці вісім хвилин, поки не збере достатньо інформації, щоб ідентифікувати терориста. Досліджуючи потяг і спілкуючись з його пасажирами, Стівенс дізнається більше про їхнє життя і боротьбу, встановлюючи несподівані зв'язки на цьому шляху.
Продовжуючи своє розслідування, Стівенс дедалі більше розчаровується через обмежений час і неможливість врятувати всіх, хто перебував у потязі. Час спливає, і він біжить наввипередки з часом, щоб розгадати таємницю і запобігти масштабнішій катастрофі.
Під час своєї місії Стівенс зближується з Крістіною, попутницею поїзда. Вирішивши захистити її, він розширює межі вихідного коду, шукаючи спосіб змінити минуле і результат вибуху.
По ходу фільму Стівенс починає ставити під сумнів справжню природу вихідного коду та етичність його використання. З кожною ітерацією він розплутує глибшу змову навколо програми та тіньових фігур, що її контролюють.
У захопливій гонці проти часу Стівенс повинен пробратися крізь павутиння брехні та маніпуляцій, щоб розплутати правду, яка стоїть за вихідним кодом, і запобігти подальшим трагедіям. Чи вдасться йому виконати свою місію, чи він залишиться в пастці нескінченної петлі, вічно повторюючи ті фатальні вісім хвилин?"