У "Братах Супер Маріо" сюжет розгортається навколо Маріо та його брата Луїджі, які мандрують Грибним королівством. Їх супроводжують принцеса на ім'я Персик та грибоподібна істота на ім'я Жаба. Їхня місія - врятувати Луїджі і не дати Баузеру, тиранічному вогнедишному Купі, знищити світ. Маріо, який родом з Брукліна і працює водопровідником, вирушає в цю небезпечну подорож разом зі своїми товаришами, долаючи незліченні перешкоди та небезпечних ворогів на своєму шляху.