У галасливому Нью-Йорку повстає давнє зло, що загрожує занурити світ у темряву. З каналізації з'являються четверо неймовірних героїв, четверо підлітків-мутантів черепашок-ніндзя - Леонардо, Рафаель, Донателло та Мікеланджело. Навчені мистецтву ніндзюцу своїм мудрим гризуном-сенсеєм, майстром Сплінтером, брати вирушають захищати місто від лап зловісного Шреддера та його Клану ніг.
Допоки черепахи намагаються розібратися в складнощах свого таємного існування, вони натрапляють на Ейпріл О'Ніл, амбітну та безстрашну репортерку, яка прагне розкрити правду про злочинну діяльність Клану ніг. З її допомогою та під керівництвом вірного месника Верна Фенвіка Черепахи вирушають у небезпечну подорож, щоб врятувати свій дім.
У міру того, як битва загострюється, Черепашки відкривають для себе приголомшливі одкровення про власне походження та роль їхнього батька, геніального вченого, у їхньому створенні. Об'єднані непохитною єдністю та непохитною рішучістю, брати повинні подолати свої особисті розбіжності, щоб перемогти Шреддера та його могутніх поплічників, клан Фут.
Посеред хаосу Черепашки також повинні протистояти власній внутрішній боротьбі. Леонардо, дисциплінований лідер, бореться з тягарем відповідальності. Рафаель, запеклий незалежний гарячий голова, бореться зі своїм гнівом і бажанням відплати. Донателло, геніальний винахідник, бореться з невпевненістю в собі і страхом невдачі. А Мікеланджело, безтурботний жартівник, стикається з викликом зрілості та пошуку свого справжнього призначення.
В епічній сутичці на вершині хмарочоса Черепашки піддають свої тренування, інтелект і непорушний зв'язок остаточному випробуванню. Коли доля Нью-Йорка висить на волосині, вони повинні піднятися над своїми страхами і прийняти свою героїчну долю. Завдяки спритності, гумору та непохитній відданості захисту невинних.