У галасливому Нью-Йорку відбувається низка загадкових злочинів, які спантеличують поліцію і лякають містян. Під міськими вулицями з'являється група з чотирьох неймовірних героїв - Черепашок-ніндзя, або ж Черепашок-ніндзя. Ці чудові черепашки - Леонардо, Мікеланджело, Донателло та Рафаель - борються зі злочинністю та несправедливістю, навчаючись мистецтву ніндзюцу у свого вчителя Сплінтер. Патрулюючи місто, черепашки зустрічають Ейпріл О'Ніл, віддану репортерку, яка стає їхнім союзником у пошуках справедливості.
Ейпріл з'ясовує, що за хвилею злочинів, яка охопила місто, стоїть Клан ноги - безжальна злочинна організація на чолі з мерзенним Шреддером. Клан ноги діє в тіні, маніпулюючи та експлуатуючи невинних людей. Вирішивши зупинити Шреддера та його поплічників, черепахи вирушають на небезпечну місію, щоб знищити Клан ноги та відновити мир у місті, яке вони називають домом.
Під час своєї пригоди черепашки стикаються з численними перешкодами, серед яких особиста вендета між Рафаелем і членом Клану ніг на ім'я Кейсі Джонс. Коли напруга зростає, черепахи покладаються на свою єдність та унікальні навички, щоб подолати ці виклики. З кожною битвою вони стають сильнішими, як індивідуально, так і в команді.
Наближається фінальна сутичка з Шреддером, і черепашкам доводиться протистояти своїм страхам і сумнівам. Разом вони розкривають весь свій потенціал, використовуючи спритність, силу та кмітливість, щоб перемогти клан Фут та його лідера. У запеклій битві Шреддер зазнає поразки, і місто нарешті звільняється від його панування терору.
Відновивши мир у Нью-Йорку, Черепашки-ніндзя повертаються до свого підземного лігва, знову прийнявши свої таємні імена. Однак вони знають, що їхня робота ніколи не буде завершена, і вони завжди будуть готові захистити своє місто від будь-яких загроз, які можуть виникнути.
Зрештою, фільм є не лише захопливою гостросюжетною пригодою, але й історією про товариськість, вірність та силу командної роботи. Черепашки-ніндзя доводять, що навіть найнезвичніші герої можуть змінити світ на краще та надихнути інших відстоювати те, що є правильним.