Фільм "Афера під прикриттям" розповідає реальну історію американського митного агента Роберта Мазура, який працює під прикриттям, щоб знищити банду наркоторговців, яку очолює Медельїнський картель Пабло Ескобара. Видаючи себе за бізнесмена, який відмиває гроші, Мазур ризикує життям, щоб завоювати довіру найближчого оточення картелю, зокрема його лідера Роберто Алькаіно. Попутно він зав'язує з Алькаіно дивну дружбу, збираючи докази, які допоможуть знищити картель. У міру того, як Мазур наближається до істини, йому доводиться долати підступні альянси, корумпованих правоохоронців і власну совість, щоб досягти успіху. Попри все це, Мазур залишається зосередженим на своїй місії, знаючи, що єдиний спосіб знищити картель - це діяти зсередини.