"Секретні матеріали: Хочу вірити" відбувається через шість років після закінчення серіалу. Дана Скаллі пішла з ФБР і працює лікарем, а Фокс Малдер через відданість розслідуванню паранормальних явищ став відлюдником. Коли зникає агент ФБР, Малдера наймають для допомоги у розслідуванні, і Скаллі неохоче приєднується до нього. Розслідування приводить їх до колишнього священика, який стверджує, що мав видіння викраденого агента, а також таємничого викрадача. Заглиблюючись у справу, Малдер і Скаллі опиняються в небезпечній грі в кішки-мишки, стикаючись з викликами свого минулого і протистоячи своїм переконанням. Дует змушений протистояти своєму скептицизму, мандруючи світом, де наука зустрічається з надприродним. З плином часу Малдер і Скаллі повинні довіряти своїм інстинктам і наражати власні життя на небезпеку, щоб розкрити правду про викрадення і приховані мотиви тих, хто до нього причетний. Фільм досліджує теми спокути, віри та сили переконань, коли Малдер і Скаллі змушені кинути виклик власним сумнівам, щоб врятувати життя.