Місце дії - місто Аянагі, розташоване на березі Японського моря. Це футуристичне місто, збудоване для відновлення після катастрофи, спричиненої "Синдромом апатії" десять років тому. Старшокласник Шин Канзато та його молодший брат Дзюн через десять років знову зустрічаються зі своїм старшим братом Рю, який очолює поліцію міста Аянаґі. У той час у місті Аянаґі трапляється низка дивних інцидентів: екіпаж підводного човна, який раптово зникає, перебуваючи у підводному човні, або бездушний симптом, який тривожить світ через десять років, або випадок із вивернутим навиворіт трупом, у якому учень набув жорстокого вигляду. Рю вистежує організацію, що стоїть за низкою інцидентів, і, втягнувшись у них, Шин пробуджує в собі "Персону".