У 3 сезоні серіалу "Скорпіон" атмосфера всередині команди загострюється. Проблема полягає в напружених стосунках між двома парами: Волтером і Пейдж, а також Тобі і Хеппі. Але агентам доводиться забути про свої особисті конфлікти, щоб посприяти американським ВМС, у яких вийшла з ладу система контролю над військовою технікою. Тепер ними керують комп'ютерні зломщики. Вони направили винищувачі один на одного. Крім того, хакери здійснили кібератаку на кілька кораблів у різних частинах країни.