Сюжет аніме "Куди ти прямуєш, поїзде судного дня?" розгортається навколо молодої дівчини на ім'я Шідзуру Чікура, яка хоче побачити свою втрачену подругу. Разом із трьома іншими дівчатами вона сідає на покинутий потяг і вирушає у зовнішній світ, де їхнє виживання непевне. Історія відбувається в японському містечку, де сталася незвичайна подія. Кінцевий пункт призначення потяга невідомий, а виживання дівчат під загрозою.