Події відбуваються на Планеті Свободи, світі, розділеному на два регіони: Країну Неба та Країну Темряви. Сонік, найшвидша істота на планеті, живе в Країні Неба зі своїм найкращим другом Хвостиком, двохвостим лисом, який вміє літати. З ними зв'язується Президент і повідомляє, що Доктор Роботник, божевільний вчений, який править Країною Темряви, викрав його доньку Сару і погрожує знищити планету за допомогою свого нового творіння - Гіперметалевого Соніка, роботизованої копії Соніка.
Сонік і Хвостик вирушають рятувати Сару і зупинити Роботника, але незабаром виявляють, що Гіперметалевий Сонік більше, ніж просто копія Соніка, адже він може імітувати кожен його рух і здібності. Сонік також зустрічає Наклза, охоронця Смарагдів Хаосу, який приєднується до них у їхніх пошуках. По дорозі вони стикаються з різними ворогами, пастками і випробуваннями, а також з несподіваними союзниками і поворотами.