У другому сезоні екіпаж "Ентерпрайзу" вирушає на ще більш сміливі місії, заглиблюючись у складнощі космосу та людства. Такі епізоди, як "Час Амок", "Машина Судного дня" та "Дзеркало, дзеркало" розширюють знання про серіал, розповідаючи про вулканську спадщину Спока, концепцію паралельних всесвітів та моральні дилеми, які випробовують принципи екіпажу.