Після невдалих експериментів з подорожей у часі Рінтару Окабе бореться з почуттям провини та травмою. Вирішивши врятувати свою кохану подругу Курісу Макісе, він отримує можливість перенестися в альтернативну часову лінію, де Курісу все ще жива. Однак цей новий світ сповнений конфліктів і відчаю, оскільки в майбутньому панує зловісна організація "Стратфор", яка прагне використати силу подорожей у часі для власної вигоди. За допомогою таємничого штучного інтелекту на ім'я Амадей та його друзів з Лабораторії ґаджетів майбутнього Окабе має пробратися крізь підступне павутиння змов, зміщення часових ліній та особистих демонів, щоб розгадати правду про плани "Стратфора". Заглиблюючись у таємниці подорожей у часі, він виявляє, що навіть найменші дії можуть мати далекосяжні наслідки, і повинен вирішити, чи пожертвувати всім, щоб змінити хід історії, чи змиритися з похмурою реальністю, що постала перед ним. Посеред хаосу непохитна рішучість Окабе та його любов до Курісу дають проблиск надії у світі, що опинився на межі колапсу. Чи вдасться йому переписати долю і віднайти Steins;Gate?