"Черепашки ніндзя" - Леонардо, Рафаель, Донателло та Мікеланджело - перетворюються на розумних черепашок у людський зріст після впливу мутагену. Під керівництвом мудрого щурячого сенсея Сплінта вони навчаються мистецтву ніндзюцу. Разом зі своїми союзниками-людьми Ейпріл О'Ніл та Кейсі Джонсом черепахи захищають Нью-Йорк від різних загроз, насамперед від Клану ніг на чолі з безжальним Шреддером.
Протягом сезону Черепашки стикаються з численними викликами, розкриваючи таємниці свого минулого та зв'язок із загадковою расою Краанг, інопланетною расою, яка планує вторгнення на Землю. Вони з'ясовують, що їхня мутація не випадкова, а радше частина великого плану, пов'язаного з технодромом Краангів.
Вдосконалюючи свої навички ніндзя, Черепашки стикаються з різними лиходіями, серед яких мутанти Риб'яче обличчя та Собача голова, а також хитра Караї, яка виявляється давно втраченою донькою Сплінгера і високопоставленим членом клану Фут. Черепашки стикаються з внутрішніми конфліктами та викликами, випробовуючи свою єдність та рішучість у боротьбі з силами зла.
Протягом сезону Черепашки все глибше занурюються в таємницю, що оточує Краанг, їхню справжню природу та кінцеву мету. Вони також розбираються у своїх складних стосунках з Ейпріл та Кейсі, балансуючи між обов'язком героїв та особистим життям.
У вирішальній битві Черепашки протистоять Краангу та Шреддеру, що призводить до одкровення, яке пов'язує Шреддера з їхнім власним минулим. З допомогою своїх друзів Черепашки врешті-решт виходять переможцями, але не без жертв. Вони дізнаються про важливість сім'ї, вірності та справжній сенс бути героями.
Зрештою, Черепашки-ніндзя продовжують свою місію захисту Нью-Йорка від усіх загроз, готові до будь-яких викликів, що чекають на них попереду.