У другому сезоні "Борджіа" Папа Олександр VI продовжує плавати підступними водами політики і влади в Італії епохи Відродження. На тлі зростання напруженості у відносинах між Папською державою та іншими впливовими сім'ями Борджіа опиняються в павутинні обману, зради та насильства.
Діти Папи Олександра, Чезаре та Лукреція, стають дедалі більше втягнутими у сімейні махінації. Чезаре, тепер уже кардинал, використовує свою нову владу, щоб сприяти прагненню Борджіа до домінування. Лукреція, уникнувши невдалого шлюбу, починає відстоювати свою незалежність і відіграє важливу роль в укладанні стратегічних шлюбів.
Тим часом позашлюбний син Папи, Хуан, бореться з власними демонами, оскільки його нерозважлива поведінка загрожує підірвати репутацію родини. Борджіа стикаються з протидією могутніх ворогів, включаючи конкуруючі сім'ї та французького короля, який погрожує вторгненням в Італію.
Сезон розгортається, лояльність перевіряється на міцність, альянси укладаються і розпадаються, а Борджіа вдаються до все більш екстремальних заходів, щоб утримати владу в своїх руках. Їхні амбіції стикаються з особистими бажаннями, що призводить до руйнівних наслідків для них самих і для тих, хто їх оточує. Чи зможуть Борджіа вижити в бурхливому ландшафті ренесансної Італії, чи їхня жага до влади врешті-решт стане причиною їхньої загибелі?
Завдяки заплутаним сюжетам, розкішним костюмам та захоплюючому дослідженню корумпованого світу Ватикану, другий сезон "Борджіа" ще глибше занурюється в темний і небезпечний світ цієї сумнозвісної родини.