Події розгортаються під час громадянської війни на планеті Кібертрон, де дві фракції роботів — Автоботи та Десептикони — ведуть криваву боротьбу за виживання та контроль над рідним світом. Серіал складається з трьох частин: «Облога», «Сходження Землі» та «Королівство».
У першій частині, «Облога», лідер Автоботів Оптимус Прайм намагається захистити свою фракцію від агресивних атак Десептиконів під проводом Меґатрона. Меґатрон прагне використовувати могутній артефакт — Всеспарку — для остаточної перемоги, але це може знищити весь Кібертрон. Оптимус змушений ухвалити важке рішення, щоб врятувати свою команду і майбутнє планети.
У другій частині Автоботи шукають новий притулок на Землі, а третя частина розповідає про повернення героїв на Кібертрон і конфлікт із новою загрозою — Звіроботами. Серіал досліджує теми лідерства, жертв заради вищої мети та надії в умовах війни.