У третьому сезоні «Бальтазара» ставки зростають, оскільки Рафаель Бальтазар занурюється у складнощі свого особистого та професійного життя. Змирившись з деякими правдами про вбивство своєї дружини, Бальтазар починає невпинну місію з пошуку її вбивці, яка ставить його в суперечність з колегами та власним почуттям моралі. Сезон представляє серію моторошних вбивств, які перевіряють здатність Бальтазара та Елен працювати в команді, включаючи справи, пов'язані з культами, організованою злочинністю та збоченими психопатами.
У міру того, як Бальтазар занурюється в емоційну прірву, його ексцентричні методи стають ще більш непередбачуваними, ставлячи його в небезпечні ситуації. Елен, глибоко стурбована благополуччям свого партнера, намагається втримати Бальтазара на землі, водночас вирішуючи власні особисті дилеми. У міру того, як пара вирішує дедалі складніші та небезпечніші справи, їхня дружба піддається випробуванню, особливо коли таємниці з минулого Бальтазара випливають назовні, загрожуючи зруйнувати все, чим він дорожить.
Кульмінацією сезону є захопливий фінал, який залишає Бальтазара в критичній точці: чоловік розривається між бажанням помститися і обов'язком жити далі, створюючи підґрунтя для ще більш емоційного конфлікту і драматичних подій у наступних сезонах.