Події розгортаються навколо Блек Джека, геніального хірурга-відступника, який працює поза законом. У цьому продовженні серіалу "Чорний Джек" 2004 року він вирушає на пошуки правди про смерть свого батька та таємничу організацію, яка його переслідує. На цьому шляху він стикається з різними медичними проблемами, які випробовують його навички та етику, а також з новими союзниками та ворогами. Серіал досліджує такі теми, як цінність людського життя, конфлікт між наукою та природою, вплив війни та насильства, а також значення сім'ї та ідентичності.