У п'ятому сезоні "Доктора Хто" до Доктора приєднується нова супутниця, Емі Понд, молода жінка з маленького села Лідворт. Разом вони досліджують час і простір у TARDIS, зустрічаючись з різними істотами та розгадуючи таємниці.
Їхня перша пригода переносить їх у далеке майбутнє, де вони зустрічають групу людських поселенців на планеті під назвою "Зореліт Велика Британія". Доктор відкриває похмуру таємницю космічного корабля і допомагає людям набратися мужності, щоб виступити проти свого деспотичного правителя.
Далі вони повертаються до Лондона часів Другої світової війни, де зустрічають групу Ангелів, що плачуть, древніх істот, які можуть рухатися лише тоді, коли на них ніхто не дивиться. Доктор та Емі повинні знайти спосіб вирватися з їхніх пазурів і не допустити, щоб Ангели спричинили хаос у місті.
У своїх подальших пригодах Доктор та Емі зустрічаються з іншими класичними ворогами, такими як Далеки та силуріанці. Вони також відвідують паралельний світ, де людьми керує таємнича сутність, відома як "Тріщини в часі". Доктор розуміє, що ці тріщини стирають людей з лиця землі, і вирішує їх виправити.
Кульмінацією сезону є двосерійний фінал, де Доктор виявляє, що причиною тріщин у часі є могутня істота під назвою "Пандоріка". Він збирає армію своїх союзників з усієї історії, щоб зупинити Пандорику від поглинання Всесвіту. Однак його зраджує знайоме обличчя і він опиняється в пастці всередині Пандорики.
Емі за допомогою друзів Доктора повертає йому віру в себе і повертає його до життя. Разом їм вдається перезавантажити всесвіт, відновивши все, що було стерто тріщинами. Доктор прощається з Емі, залишаючи їй нове життя і спогади про їхні неймовірні пригоди.
З Емі поруч, Доктор продовжує подорожувати крізь час і простір, готовий зустріти будь-які небезпеки, що чекають на нього в майбутньому.