У третьому сезоні "Доктора Хто" Володар Часу разом зі своєю вірною супутницею Мартою Джонс продовжує свої пригоди в часі та просторі. Вони стикаються з різними викликами, серед яких повернення Майстра, давнього ворога Доктора, який прагне завоювати Землю. Доктор також зустрічається з обличчям Бо, який передає таємниче послання про його майбутнє. Разом Доктор і Марта розкривають правду про зловісну організацію, відому як "Містер Саксон". Дорогою вони відвідують єлизаветинську Англію, новий Нью-Йорк і навіть космічний корабель 1930-х років, що мчить до сонця. Під час подорожей Доктору доводиться стикатися зі зрадою, самопожертвою та втратою близьких, і все це в боротьбі зі своїми внутрішніми демонами. Протягом сезону почуття Марти до Доктора поглиблюються, але його серце все ще належить іншій людині. Разом вони стикаються з остаточним випробуванням їхнього зв'язку в битві проти Майстра, яка потрясає самі основи реальності. Зрештою, Доктор знову залишається на самоті, змушений продовжувати свої нескінченні пригоди крізь час і простір.