Дія першого сезону, який часто називають «Примара в обладунках: Синдром одинака», розгортається в середині 21-го століття у світі, де кібернетичні вдосконалення та штучний інтелект набули широкого поширення. Історія розповідає про 9-й відділ громадської безпеки, спеціальну оперативну групу в Японії, яка бореться з кібертероризмом, корупцією та іншими злочинами, пов'язаними з розвитком технологічного світу. Команду очолює майор Мотоко Кусанагі, кіборг з повністю протезованим тілом і винятковими бойовими навичками.
У центрі сюжету - розслідування Дев'ятим відділом загадкової справи «Людини, що сміється». Людина, що сміється, - висококваліфікований хакер, відповідальний за різні гучні кіберзлочини, включаючи викрадення керівника корпорації. Його мотиви спочатку незрозумілі, а його дії, схоже, пов'язані зі змовою, в якій беруть участь представники індустрії мікромашин і корупція в уряді. Протягом сезону майор Кусанагі та її команда розслідують різні справи, які пов'язані з цим всеосяжним сюжетом, ставлячи під сумнів межі між людською ідентичністю, штучним інтелектом і природою свідомості.
У ході розслідування стає очевидним, що Людина, яка сміється, не просто злочинець, а викривач, який викриває роль великої фармацевтичної компанії у придушенні технології, яка могла б вилікувати хворобу мозку. Серіал заглиблюється в етичні та філософські питання, включаючи вплив технологій на суспільство і те, що означає бути людиною у світі, де домінує кібернетика.