У другому сезоні, відомому як «2nd GIG», фокус зміщується на політичні інтриги та міжнародні конфлікти. Після подій першого сезону 9-й відділ громадської безпеки стикається з новими викликами, оскільки уряд має справу з появою групи під назвою «Одинадцять» - колективу терористів, які пропагують антибіженські настрої в Японії. Криза біженців є важливою темою цього сезону, оскільки Японія бореться з напливом біженців з вигаданого регіону, зруйнованого війною, під назвою «Американська імперія».
У центрі сюжету - Казундо Ґауда, урядовець-маніпулятор, який використовує кризу біженців та Одинадцятьох для просування власного політичного порядку денного. Гауда прагне створити дестабілізуючу ситуацію, яка надасть йому більше влади та впливу в уряді. Він організовує різні напади і намагається спровокувати війну з біженцями.
Тим часом 9-й відділ розслідує Одинадцятьох та їхній зв'язок з Гаудою. Коли майор Кусанагі та її команда розкривають правду, вони розуміють, що Гауда маніпулює як терористами, так і урядом задля власної вигоди. Цей сезон продовжує досліджувати напругу між людською свідомістю та штучним інтелектом, а також вплив технологічного прогресу на суспільство.
Кульмінація розкриває глибший сюжет, пов'язаний з виникненням острова Дедзіма, притулку для кібернетично вдосконалених людей. Майор Кусанаґі зрештою протистоїть Ґауді в напруженій сутичці, і сезон завершується питаннями про ідентичність, маніпуляції з інформацією та моральні складнощі штучного інтелекту в постлюдському світі.
Обидва сезони «Примари в обладунках: Синдром одинака" відомі своїми складними сюжетами, філософськими роздумами та заплутаним розвитком персонажів, що робить їх творами, які спонукають до роздумів у жанрі кіберпанку.