Другий сезон "Батьківщини" посилює захопливу оповідь колишнього агента ЦРУ Керрі Метисон, яка намагається відновити своє життя після того, як її дискредитували та помістили в лікарню через одержимість Ніколасом Броуді, морським піхотинцем США, який став терористом. Коли психічний стан Керрі опинився під питанням, Сол Беренсон очолив контртерористичний центр ЦРУ і став її наставником.
Рік по тому бомба руйнує офіс ЦРУ в Бейруті, вбиваючи численних агентів. Вважаючи, що за нападом стоїть Аль-Каїда, Керрі повертається до Лівану під прикриттям, сповнена рішучості зупинити терористичну змову. У процесі роботи вона відновлює зв'язок зі старим агентом Рамі, який пропонує цінну інформацію про потенційний напад на США. Однак її нерозважлива поведінка та особисті зв'язки загрожують скомпрометувати місію.
Повернувшись до США, Броуді стає конгресменом і улюбленцем ЗМІ. Підозри Керрі щодо його причетності до тероризму знову загострюються, коли вона отримує відео, на якому Броуді заявляє про свою лояльність до Абу Назіра, натхненника нападу на ЦРУ. Керрі невтомно розслідує справу, але стикається з перешкодами з боку колег, які сумніваються в її достовірності.
Досліджуючи докази, Сол розуміє, що вибух у Бейруті був справою рук своїх, організованою кротом у ЦРУ. Напруга зростає, і Керрі та Сол утворюють неймовірний альянс, сповнений рішучості притягнути справжніх винуватців до відповідальності. Попутно вони розкривають складну мережу обману і зради, що врешті-решт приводить їх до самого серця загрози Америці.
Тим часом таємні стосунки Броуді з вдовою Абу Назіра, донькою Назіра, і невпинне переслідування його ЦРУ змушують його поставити під сумнів свою лояльність. Розриваючись між сім'єю і терористичною організацією, Броуді мусить прийняти доленосні рішення, які назавжди змінять його долю.
Другий сезон "Батьківщини" заглиблюється у психологічні потрясіння героїв, досліджуючи розмиті межі між лояльністю, довірою та патріотизмом. Поки Керрі та Сол змагаються з часом, їхні шляхи перетинаються з дорогами Броуді, що завершується несамовитим фіналом сезону, який змушує глядачів поставити під сумнів справжню природу героїзму та лиходійства.