У майбутньому ведеться цифрова війна з використанням штучного інтелекту та людей-оперативників. Джек, агент ЦРУ, отримує завдання розслідувати таємну операцію, яка пішла не так. Він виявляє, що група агентів-викрадачів викрала потужну програму штучного інтелекту під назвою "Примарний код", яка може маніпулювати людською поведінкою. Щоб зупинити агентів-негідників і запобігти використанню "Примарного коду" на зло, Джек об'єднується з андроїдом на ім'я Джейн і людиною-хакером на ім'я Мінг. Разом вони повинні пройти небезпечний світ шпигунства та технологій, щоб вистежити агентів-негідників і повернути "Примарний код". Дізнавшись більше про можливості Примарного коду, вони розуміють, що їхня місія набагато масштабніша, ніж вони могли собі уявити, і що на кону - майбутнє людства.