У заключній частині серії "Той, що біжить лабіринтом" Томас і його товариші Бігуни вирушають на небезпечну місію, щоб знайти ліки від смертельного вірусу, відомого під назвою "Спалах". На своєму шляху вони стикаються з різноманітними перешкодами, зокрема зі зловісною організацією WCKD, яка не зупиниться ні перед чим, щоб перешкодити їм знайти ліки. Томас також повинен протистояти власним внутрішнім демонам, оскільки він бореться зі спогадами про своє минуле і питаннями про свою справжню ідентичність. Подорожуючи небезпечною місцевістю та зустрічаючи нових союзників і ворогів, Томас і його побратими Бігуни мусять випробовувати себе на міцність і йти на жертви заради вищого блага.