У фільмі «Наруто Ураганні Хроніки Фільм 2: Узи» село Прихованого Листа стикається зі страшною загрозою, коли на нього раптово нападає таємнича група ніндзя з Країни Неба. Ці ніндзя прагнуть помститися за своїх загиблих товаришів, які зазнали поразки від Прихованого Листа під час Другої Великої війни ніндзя. Коли село охоплене полум'ям і хаосом, Наруто Узумакі, Сакура Харуно та Хіната Хюґа об'єднують зусилля, щоб дати відсіч загарбникам і захистити свій дім.
Під час битви Наруто зустрічає хлопчика на ім'я Амару та його вчителя, доктора Шинно, які прийшли до Прихованого Листка у пошуках допомоги для свого села, на яке напав той самий ворог. Наруто та його команда погоджуються допомогти Амару і Шинно, вирушаючи в подорож до Країни Неба.
Заглиблюючись на ворожу територію, Наруто та його друзі розкривають зловісну змову, пов'язану з потужною і стародавньою зброєю. Вони дізнаються, що Шинно не той, за кого себе видає, і має темний план, як вивільнити цю зброю і знищити світ ніндзя. Наруто повинен протистояти Шинно і зупинити його план, водночас намагаючись впоратися з емоційними потрясіннями, пов'язаними з його зв'язками з друзями та людьми, яких він поклявся захищати.